Когда началась война, он руководил гарнизонным Домом Красной Армии в Новгороде / ныне ДК им. Васильева Н.Г./. В июле 1941 года он возглавил работу по формированию движения сопротивления. С приходом в августе 1941 года немецко-фашистских войск он мог бы отступить вместе с войсками, поскольку был кадровым военным, но выбрал партизанское движение и стал командиром второй партизанской бригады. Партизаны наносили удары по оккупантам в Ленинградской(в том числе на территории нынешней Новгородской) и Калининской областях, отправили в блокадный Ленинград более двухсот подвод с продовольствием. В тылу противника был создан Партизанский край - четыреста населённых пунктов жили по советским законам. Н.Г.Васильев умер 25 марта 1943 года в военном госпитале в Вышнем Волочке. В апреле 1944 года ему посмертно было присвоено звание Героя Советского Союза.

В действующей армии он так бы и остался культработником. А в партизанском движении проявил себя умелым организатором и боевым командиром!

Умирал тяжело - туберкулёз.